Die technische und biologische Prozessoptimierung bestehender Biogasanlagen ist neben der umfassenden Planung, dem schlüsselfertigen Bau und der Inbetriebnahme neuer Kraftwerke ein Spezialgebiet des Unternehmens. In der ganzheitlichen Prozessoptimierung von Biogasanlagen zählt Cowatec in Deutschland zu den Marktführern. Rund 300 Betreiber in Deutschland nutzen bereits diesen Service, den das Unternehmen unabhängig von Anlagentyp und -hersteller anbietet. Die enorme Komplexität der Einflussfaktoren auf den Biogasprozess macht die professionelle Fachberatung für Betreiber sehr wertvoll. In diesem Zusammenhang vertreibt Cowatec Betriebshilfsmittel wie beispielsweise das Enzympräparat MethaPlus, das der Biomasse im Fermenter zugesetzt und über dessen biochemischen Prozess der Methanertrag gesteigert wird.